普通外科
国家重点学科，首批硕士、博士授予权学科，国家卫生部首批内镜诊疗技术培训基地，全军普通外科中心，重庆市医学重点学科，医院微创胃肠外科中心，医院肿瘤生物治疗中心，首批医院研究型特色专科。
目前已经形成了以胃肠外科、结直肠肛门外科、腹壁与疝外科和血管外科为特色的综合性学科。在国内率先开展了腹腔镜胃癌根治术，至今已完成国际报道的单中心最大宗病例。
在军内和西部地区率先开展了系列腹腔镜疝修补术、包括腹腔镜经腹和腹膜外疝修补术、腹腔镜嵌顿疝松解修补术和腹腔镜复发疝修补术，达到国内先进、军内领先水平。
关节外科
国家医学重点学科、全军矫形外科中心、重庆市医学重点学科，博士、硕士学位授权学科及博士后流动站学科，首批国家卫生部骨科内镜诊疗技术培训基地，是目前全军唯一独立编制的关节外科、西南地区规模最大的关节伤病专科诊疗中心。
目前开展所有四肢关节置换和关节镜手术，其中关节镜下异体BTB前/后交叉韧带重建、微创人工全髋关节置换及高屈曲度全膝关节置换手术居国内领先、国际先进水平。
乳腺外科
国家重点学科、全军专科中心，已形成乳腺癌早期诊断技术、保留乳房的乳腺癌根治性综合治疗、乳腺癌前哨淋巴结活检技术、系列乳腺腔镜手术技术、以新辅助治疗为先导的进展期乳腺癌的综合治疗技术、甲状腺肿瘤根治与甲状腺腔镜手术等六大技术特色优势。
在国内率先开展系列乳腺腔镜手术的基础与临床研究，是目前国内开展乳腺腔镜手术例数、种类最多和复杂程度最高的单位。